La tercera temporada de Superman & Lois comienza semanas después de la aplastante derrota de Ally Allston por parte de Superman. Clark y Lois ahora trabajan en Smallville Gazette juntos y disfrutando de la vida de pueblo pequeño. Pero la dicha romántica de los Kent solo arroja luz sobre cuán aislado puede ser "el secreto", mientras Chrissy lucha por equilibrar un nuevo interés amoroso y su amistad con Lois. Sin embargo, el equilibrio entre el trabajo y la vida personal de Lois se pone a prueba cuando una misión encubierta revela un enemigo mortal que promete cambiar a la familia Kent para siempre. Superman movería el cielo y la tierra por su familia, pero con un villano tan despiadado, incluso eso podría no ser suficiente. Mientras tanto, los chicos de Kent se ven empujados en direcciones opuestas cuando Jordan descubre lo que realmente significa una identidad de superhéroe y Jonathan busca un propósito más allá del campo de fútbol. En medio de toda esta agitación, John Henry está obsesionado por el pasado de su doppelgänger, lo que lleva a consecuencias peligrosas para él y Natalie. Lana Lang y Kyle redefinen su familia después de la separación, mientras que Sarah explora lo que les depara el futuro a ella y a Jordan ahora que sabe la verdad sobre sus poderes. Habiendo aprendido por las malas que no se puede confiar en nadie más para trabajar con Superman, el general Samuel Lane recupera su puesto en el Departamento de Defensa, solo para enfrentar su propio conflicto al trabajar con su nieto, Jordan.